PETCT的辐射剂量来源于两部分，一部分来源于之前所说的PET显像剂（18F-FDG），另一部分来源于全身低剂量CT。PET显像剂所造成的辐射与所使用的显像剂剂量相关。一般来说，随着患者体重的增加，我们会使用更大量的显像剂（18F-FDG）以保证图像质量。对于一个70kg体重的患者来说，18F-FDG所带来的辐射剂量在7 毫西弗（mSv，为衡量辐射剂量的一种单位）左右。对于CT部分，PETCT中的CT仅作为解剖学定位和衰减矫正使用，一般使用全身低剂量CT，辐射剂量在4~5 mSv左右。

目前临床用的放射性药物，都是标记的超短半衰期同位素，在几十分钟或几个小时内就在体内完全消失了。而且，医疗工作会严格遵守辐射防护原则，所使用的放射药物都被严格控制在十分安全的范围之内，在医生的指导下，不会对受检者造成辐射损害。客观来讲，准确把握适应症，PETCT检查的辐射数值约等于两次胸部CT扫描，远远低于国际标准中的公众年度平均值，受益明显大于极低概率的辐射风险，但需要注意的是，孕妇人群非必须不检查。

PETCT检查者一般在注射药物后2小时后离开核医学科，而2小时后体内放射性核素大多已衰变和排泄，对周围1米人群的辐射剂量相当于坐2小时飞机所接受的辐射剂量，基本可以忽略不计。但是，刚做完PETCT检查的人，作为潜在的放射源，在短时间内应避免与孕妇和儿童有过多接触。大约20个小时后，伴随大量饮水，患者体内的辐射几乎全部排出，对周围的影响也基本消失。