在治疗上，早期肝癌仍以手术为优先选择，但手术无法施行于肝功能不佳的患者。近年来对于局部的小型肿瘤治疗採肿瘤内醋酸注射或射频烧灼术，亦有很好成效。而肝脏移植受限于器官取得不易，无法普及。对于不适用以上疗法病人，体外放射治疗、钇90微球体体内放射治疗、动脉化学栓塞疗法及标靶治疗等，是可以考虑的治疗方式。

肝癌对放射治疗不甚敏感，且在采用杀伤肝癌细胞的剂量照射肝脏组织时，正常的肝细胞也受到相当的杀伤。质子治疗的出现打破了僵局。质子治疗的本质是放疗，但是不同的是，采用质子线对肿瘤进行精细准确照射，其固有的布拉格峰原理使射线到达肿瘤之前释放较少的能量，如同放烟花一般，到底肿瘤时能量全部释放，达到较佳的杀瘤效果。

与其他局部治疗如射频消融、经动脉介入栓塞化疗等方法相比较，质子治疗为无创治疗，且无需接受麻醉，为许多患者青睐并接受。质子治疗肝癌有效避免了肿瘤周围正常组织不必要的照射，从而减少了正常组织损伤，并为进一步提高肿瘤治疗剂量提供了空间。