全身PETCT在肿瘤方面的应用占其临床应用的90%以上，主要用于肿瘤筛查、良、恶性肿瘤的鉴别诊断，肿瘤分期、随访、及时发现肿瘤复发，前列时间发现恶性肿瘤转移灶，诊断不明原因的发热等疑难杂症。另外还能做脑功能代谢疾病的诊断，如癫痫、老年痴呆等；及心肌细胞存活等“金标准”检查。

       PETCT能一次进行全身的断层显像，这也是其它显像设备所无法实现的。除了发现原发部位病变，还可以发现全身各部位软组织、器官及骨骼有无转移病变，对肿瘤的分期非常有帮助，并提供准确的穿刺或组织活检的部位，协助临床医生制订较佳的治疗方案。

       PETCT可以无创性定位癫痫灶，为脑外科手术、伽马刀切除癫痫灶提供明确的手术范围；与创伤性的开颅皮层脑电图定位癫痫灶吻合率在90%以上。PETCT可同时显示脑的代谢和结构，作为功能和解剖结合的影像方法，对于帕金森的早期诊断有重要价值。